Postanowieniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 4 stycznia 2022 r. dr. hab. Pawłowi Rutkowskiemu został nadany tytuł profesora nauk rolniczych, w dyscyplinie nauki leśne. Główne kierunki działalności naukowej i dydaktycznej profesora Pawła Rutkowskiego to siedliskoznawstwo leśne, typologia leśna, ekologia lasu i ochrona ekosystemów leśnych.
Typologia leśna i siedliskoznawstwo leśne stanowią naturalną kontynuację zainteresowań prof. Rutkowskiego, wyniesionych ze studiów na Wydziale Leśnym Akademii Rolniczej w Poznaniu (1983-1988), rozwijanych w pracy zawodowej, jaką bezpośrednio po studiach podjął w pracowni siedliskowej Biura Urządzania Lasu i Geodezji Leśnej oddział w Poznaniu (1988-1990), później w Zakładzie Usług Ekologicznych i Urządzeniowo-Leśnych (1990-2000), gdzie zajmował stanowisko taksatora, a następnie taksatora specjalisty w zakresie siedliskoznawstwa i finalnie w Stacji Ekologii Roślin, której był właścicielem. W okresie tym zdobył bezcenne doświadczenie zawodowe, będąc wykonawcą licznych opracowań siedliskowych oraz planów ochrony dla rezerwatów przyrody.
Karierę naukową prof. Rutkowski rozpoczął w 1997 r. podejmując studia doktoranckie na Wydziale Leśnym w Poznaniu, pod kierunkiem prof. dr. hab. Bohdana Drogoszewskiego.
W 2001 r., na podstawie rozprawy poświęconej analizie siedlisk leśnych wykształconych na glebach rdzawych, prof. Rutkowski uzyskał stopień doktora nauk leśnych, a w 2012 r. za monografię pt.: „Stan i perspektywy rozwoju typologii leśnej w Polsce”, stopień naukowy doktora habilitowanego.
Jeszcze w toku studiów doktoranckich prof. Rutkowski uzyskał mianowanie (01.02.2000 r.) na stanowisko asystenta w Katedrze Hodowli Lasu Akademii Rolniczej im. Augusta Cieszkowskiego w Poznaniu i zatrudnienie w Zakładzie Techniki Hodowli Lasu, a po obronie doktoratu mianowanie na stanowisko adiunkta (01.04. 2002 r.) w tej samej Katedrze, w Zakładzie Ekologicznych Podstaw Hodowli Lasu, w której był zatrudniony do 2012 r. W 2012 r. na Wydziale Leśnym Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu powstała Katedra Siedliskoznawstwa i Ekologii Lasu, którą prof. Rutkowski kierował w latach 2014-2021, do czasu jej likwidacji. Obecnie prof. Rutkowski pracuje w Katedrze Botaniki i Siedliskoznawstwa Leśnego.
Z racji szerokich zainteresowań, działalność naukowa prof. Rutkowskiego często wykraczała poza podstawowe kierunki, jakimi było siedliskoznawstwo i typologia leśna. Znaczna część dorobku naukowego prof. Rutkowskiego poświęcona jest m.in. wielofunkcyjnemu wykorzystaniu wierzb, dzięki czemu brał on udział w pracach poświęconych strategii Unii Europejskiej w zakresie wykorzystania biomasy jako odnawialnego źródła energii, znajdując się w grupie eksperckiej w warsztatach w Harpenden (Anglia, 2007), Brukseli (2007) czy w Kopenhadze (2009).
Istotną datą dla prof. Rutkowskiego było wejście Polski do Unii Europejskiej oraz wdrożenie w Polsce sieci Natura 2000. W tym zakresie, w latach 2006-2007, prof. Rutkowski był członkiem Regionalnych Organów Opiniodawczo-Doradczych przy Dyrektorach RDLP w Pile, Poznaniu i Szczecinku oraz członkiem Grupy Roboczej przy Generalnej Dyrekcji Ochrony Środowiska, z którą współpraca zaowocowała monografią „Natura 2000 w leśnictwie”.
Aktualnie prof. Paweł Rutkowski jest członkiem rad naukowych Słowińskiego Parku Narodowego, Drawieńskiego Parku Narodowego, Leśnego Kompleksu Promocyjnego „Lasy środkowopomorskie”, LKP „Puszcze Szczecińskie” oraz LKP „Puszcza Notecka”. Za szczególne wyróżnienie prof. Paweł Rutkowski traktuje objęcie w 2021 r. funkcji przewodniczącego Regionalnej Rady Ochrony Przyrody przy RDOŚ w Poznaniu.
Niezależnie od działalności naukowej, dla prof. Pawła Rutkowski zawsze ważna była działalność dydaktyczna. Prof. Rutkowski wypromował ponad 100 dyplomantów, w tym z Francji, Hiszpanii, Portugalii i Chin. Był też promotorem 2 ukończonych prac doktorskich, a nad kolejnymi sprawuje opiekę. W 2014 r. został uhonorowany przez studentów studiów niestacjonarnych Wydziału Leśnego nagrodą dla najlepszego wykładowcy. W 2017 r. wypromował dyplomanta wyróżnionego nagrodą im. prof. dr. hab. Jerzego Zwolińskiego